传统方法往往用 one-hot 向量或文本嵌入表示功能标签，但蛋白功能并不是抽象语义本身，而是由具体的局部结构基序承载。
* 通讯作者：Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性，我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析，涵盖 11 个靶标系统，并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。
1、kaiyun官网 资料图 24日下午，封面新闻记者多次拨打南涧县以及南涧镇人民政府的公开电话，均无人接听。
受其影响，珠江流域东江、韩江、北江、粤东沿海榕江，长江流域鄱阳湖水系赣江修河、湖北府澴河滠水，淮河流域上中游干流及支流洪汝河沙颍河、沂河沭河泗河、山东半岛小清河，黄河流域大汶河，海河流域漳卫河，松花江流域松花江干流及支流牡丹江、汤旺河等主要河流将出现明显涨水过程；暴雨区内部分中小河流可能发生超警以上洪水；个别城市可能发生内涝；广东梅州、韶关、河源及江西赣州、吉安等地山区发生山洪灾害风险较高。kaiyun官网当象牙保护取得里程碑式突破 它们何时在博物馆中展出？ “值此三星堆祭祀坑发现四十周年之际，考古出土饱水糟朽象牙脱水加固保护取得里程碑式突破。
2、当代集团被罚1000万，涉违法提供融资等
编辑 | 杨秋煜 来源 | 央视新闻今天白天我市出现雷阵雨 局部大到暴雨 个别点大暴雨 07时至16时 全市平均降雨量34.6毫米 中心城区平均40.4毫米 受降雨影响 午后15时市区气温仅为22.7℃ 降雨持续 今天傍晚我市有分散性阵雨 夜间雷阵雨 局地大到暴雨 降雨时伴有6-7级，局地8级以上短时大风 短时强降雨和小冰雹 明天上午阴转多云 下午到夜间有雷阵雨或分散性雷阵雨 周五（24日）白天仍有雷阵雨 明后两天市区最高气温为30℃ 最低气温在23-24℃ 未来两天我市仍多雷雨天气 请及时关注临近预报预警信息 公众需合理安排出行 驾车注意交通安全 尽量远离山区、河道等地质灾害隐患区域 天津市气象台于2026年07月22日17时26分将雷雨大风黄色预警信号降级为蓝色预警信号：预计今天夜间到明天夜间，天津中心城区仍有雷阵雨，降雨具有间歇性，局地雨强较大，伴有6-7级、个别点达8级以上短时大风和小冰雹，请有关单位和人员做好防范准备。
3、温和回升，上半年成都CPI累计上涨1.3%
编 辑 | 霍然 来源 | 极目新闻 于东来个人社交平台英格兰著名足球裁判安东尼·泰勒21日宣布退休，结束长达20年的执法生涯。
4、张镇麟转会费超5000万；上海队曾询价赵睿、周琦，但不愿支付溢价
警方也提醒，遇到上门借钱的陌生人，无论对方能说出多少自家信息、话术多么逼真，都坚决不能给钱。
5、零跑汽车成为澳洲全国匹克球联赛首席官方汽车合作伙伴
用现在流行的行话说，这是高低能量的区别。
因第一款第一项至第四项情形注销行政执法证件的，不得再次申领行政执法证件。
如果我们仍然需要少量类似于 Transformer 或深度强化学习级别的突破，我也不会感到惊讶。
6、3-0，马龙许昕强势夺冠，国乒新星一局都赢不了，诞生3个不可思议
也就是说，真实世界病历同时包含疾病生物学、医生行为和医疗系统运行方式。
许多研究者指出，如今的 AI 仍然只是“还不错”地完成生成想法、实现代码与评估结果这些步骤，而远远称不上完全自主。
7、姚柯宇大概率升入山东男篮一线队，技术全面性非王证能比
据了解，烟台市蓬莱区将持续强化项目统筹调度，细化攻坚任务，靠前做好各项要素保障，依托“一个项目、一名区级领导”包帮挂帅工作机制，实行专班跟进、全程统筹协调，全方位为项目建设保驾护航，推动各类重点项目提速落地，尽早投产达效。
而吸管独立封装的设计，又从技术层面解释了“为什么活菌不会死”，让功能概念显得更可信。
8、推广视频出现“偷窥女性卧室”情节，名创优品致歉：审核工作疏漏
对于此次全锦赛，马龙的期待“很朴素”：“能赢一场是一场，别第一轮就输了，多少有点挂不住。
猜想和假设将来自人类专家，然后专家使用这些工具，使工作效率大大提高 —— 可能提高十倍甚至一百倍。
救援现场。
9、莫德里奇将为AC米兰再战一个赛季
在智能体、代码理解、长文档分析等应用中，模型需要处理数十万甚至百万级 token。
” 该旅客告诉记者，这趟EK302航班几乎满员，记者查询发现，这架注册号为A6-EDV的空客A380飞机，机龄为14年，飞机内的座位数约为517座。
10、正式确定！CBA顶级大外援完成转会，加盟北控男篮
医护团队为其定制了全周期个性化护理、训练方案。
” 帖子一出，评论区瞬间成了“暖心故事集锦”。
1、是对还是错？广西高分考生放弃武大法学，被人大工商管理录取，位次95+
只有在获得官方批准且旅客符合入境条件的情况下，才可能被允许下机。
2、确定不续约！威少打出稳定表现，依旧没定下家！
为了构建高性能传感器，研究人员首先通过定点饱和突变（SSM）和组合突变筛选，将原始设计 hcy129 的结合亲和力提升至 68 nM（变体名为 hcy129.1），亲和力提高了 31 倍。
3、程靖淇:樊振东15岁一进国乒就打到第三名 让一批人感到绝望了!
中央气象台同步发布暴雨蓝色预警和强对流天气蓝色预警。一年前的今天，NBA停摆，做出这个决定，远没想象的那么简单他认为我们终将得到真正令人印象深刻、由 AI 辅助的重大发现。
4、连追两球！蒂莱曼斯绝平+加时点球绝杀，比利时3-2让二追三进16强
受理复核的机关应当自受理之日起15日内作出结论，并通知申请人。
5、LV在中国又开告了，这次是国家知识产权局
图 2 | BioMD 方法总览。
6、中国车欧洲销量连续两月超越日系，差距扩大至1.8万辆
预计，7月24日8时至25日8时，黑龙江中西部、山西东南部、河北南部、山东大部、河南北部和东部、安徽中北部、江苏中北部、贵州西南部、云南中东部和西南部、广西西部和南部沿海地区、台湾岛东部和南部等地部分地区有大到暴雨。
创作并非总是顺畅。
夏天是万物繁衍生长的时期，鸢飞鱼跃，树高草茂。
7、开拓者成本风暴再起：5大广播名嘴集体离队，老板省钱策略引发强烈反差
同时，博兴县健全完善审管信息双向互通、实时推送机制，构建全链条闭环管理体系。
因此，这场改革的本质是试图改变过去十六年欧尔班执政时期形成的政治生态。
8、勒布朗·詹姆斯：想加入有相同理念的球队，最重要的是相信过程
国家防总副总指挥、水利部部长李国英要求严密防范台风暴雨洪水，密切监视发展态势，滚动预报影响区域，精准研判风险点位，提前做好防御准备。
据佘山镇相关方面确认，纬一路新建工程建设获得相关批复，但具体建设细节是由方松公司实施的。
精准的供需匹配持续吸引众多企事业单位批量入驻，静安香格里拉大酒店、隧道股份、美团等企业已落地入驻，另有3家企业正洽谈签约，宿舍型房源市场需求量持续攀升。
让她欣慰的是，姐妹俩不仅在艺术上小有所成，文化课也从未落下。
- 1 一个候选药物能否成药，不仅取决于其静态的二维拓扑结构，更取决于其在溶液中千变万化的三维构象系综；根据玻尔兹曼分布，分子在室温下可能同时存在数十种乃至上百种低能构象，而宏观的溶解度、熔点、毒性等关键性质，正是这些构象的系综平均结果。
- 2 阿根廷足协否认所涉指控，并声称这是阿根廷总统米莱为了对阿根廷足球施压而采取的政治手段。
- 3 通用条件 所有步骤在 25°C 下进行，使用 10 mM HEPES、150 mM NaCl、3 mM EDTA 和 0.05% 表面活性剂 P20（pH 7.4）作为运行缓冲液。
- 4 论文地址：https://www.nature.com/articles/s42256-026-01245-5 01 为什么现有 AI 气候预测框架存在局限？ 当前主流 AI 气候预测模型大多遵循：单一气候模态 + 单任务预测，研究目标通常聚焦于：ENSO、IOD、Atlantic Niño、PDO 等。
- 5 每个小方块会同时进入多个基础模型进行特征提取。
- 6 23日，记者从玉林博白县殡仪馆获悉，接收到3名被大树砸中的遇难者遗体。
- 7 经历三代产品打磨，2024年SurgSmart“睿术”智能外科系统拿到全国智能外科领域第一张医疗器械注册证。
- 8 《中华人民共和国反家庭暴力法》第二条规定，本法所称家庭暴力，是指家庭成员之间以殴打、捆绑、残害、限制人身自由以及经常性谩骂、恐吓等方式实施的身体、精神等侵害行为。
- 9 （1）瞬悉 2.0 语言模型在通用知识（如 MMLU、ARC-C、BBH 等任务）以及 SFT 后推理能力（如数学推理 GSM8K、MATH，代码 HumanEval、MBPP 等任务）的表现与强基线 Qwen3 比肩，综合性能优于 Qwen2.5 和更大规模的瞬悉 1.0-7B 模型。
- 10 研究团队所提出的是一套双循环主动学习框架。
- 11 抖音提醒：抖音官方客服不会以快递形式诱导用户扫码联系客服领取“奖品”。
- 12 “星枢计划”提出的“天数天算、地数天算”双向协同，就是这个逻辑。
- 13 在广东省广州市龙归街南岭村，如果初婚夫妻双方均为南岭联社户籍股东成员，可以同时享受村社两级奖补，婚育补贴金额为初婚最高8万元、生育最高12万元，合计20万元。
- 14 我所说的创造力是指：一个人工智能系统不仅能解决一个难题，而且能真正提出一个优美且有意义的猜想，比如千禧年大奖难题或黎曼猜想。
- 15 尽管这些测量不构成全面的可开发性评估，但它们表明生成式发现系统可能越来越能够产生实验可处理的类抗体分子，而不仅仅是孤立的结合序列。
- 16 【油价或重回8元】受美伊冲突影响，国际油价拉升。
- 17 人体早晚身高相差近1公分，早上刚起床时测量数值最高。
- 18 它能支持地球生物基因组计划，促进 AI 驱动的结构生物学，还可以催化比较基因组学。
- 19 这个过程就像是有个永不疲倦的师兄在帮你改 Bug、配环境，不仅高效而且零出错。
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